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2001-2019年腸病毒分離前五大基因
2001-2019年病毒合約實驗室監控統計- CSV
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2016-2017年腸病毒統計
自2016-2017年間腸病毒所分型出各種腸病毒型別，主要目的提供給學術人員了解國內主要流行病毒分型何者比較多數作為統計依據。- CSV
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2016年NPEV腸病毒統計表
此表由統計國內2016年合約實驗室NPEV基因收件定序結果，並依照病毒名稱NPEV經由定序所分型出各種腸病毒型別。 目的是提供署內外研究人員了解NPEV做出基因型別類別統計呈現出數量較多流行型別。- CSV
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2016年國內腸病毒EVD68統計表
自2016年國內統計腸病毒(EVD68)型流行地區統計及定序筆數，提供署內外研究人員及學術單位使用。- CSV
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地區年齡性別統計表-中東呼吸症候群冠狀病毒感染症(以週為單位)-依個案研判日統計
2003年起各地區、各年齡層、性別之病例數統計表(疾病名稱：中東呼吸症候群冠狀病毒感染症，日期種類：研判日，病例種類：確定病例，感染來源：本土、境外移入) -
2016年病原微生物基因資料庫腸病毒/流感序列流病資料表
自2016年定序腸病毒與流感核甘酸與胺基酸序列資料，並對應流病資料能了解國內所發生縣市區域來呈現，序列資料能讓署內外研究人員有進一步研究成效。- CSV
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2016-2017年國內流感定序統計表
自2016-2017年間針對H3N2、H1N1、INFB流行性病毒經由實驗與分型的統計，疫苗株是每半年透過世界衛生組織所公布施打病毒疫苗株，數量較多者為所施打病毒疫苗株提供給署內外人員與民眾做檢閱。- CSV
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地區年齡性別統計表-腸病毒感染併發重症
2003年起各地區、各年齡層、性別之病例數統計表(疾病名稱：腸病毒感染併發重症，日期種類：發病日，病例種類：確定病例，感染來源：本土、境外移入) -
健保門診及住院就診人次統計-手足口病
各縣市、年齡別、年週之手足口病門診及住院就診人次統計表 -
急診傳染病監測統計-手足口病
各縣市、年齡別及年週之手足口病急診就診人次統計表 -
急診傳染病監測統計-腸病毒
各縣市、年齡別及年週之腸病毒急診就診人次統計表 -
急診傳染病監測統計-疱疹性咽峽炎
各縣市、年齡別及年週之疱疹性咽峽炎急診就診人次統計表 -
健保門診及住院就診人次統計-疱疹性咽峽炎
各縣市、年齡別、年週之疱疹性咽峽炎門診及住院就診人次統計表 -
地區年齡性別統計表-腸病毒感染併發重症(以週為單位)
2003年起各地區、各年齡層、性別之病例數統計表(疾病名稱：腸病毒感染併發重症，日期種類：發病日，病例種類：確定病例，感染來源：本土、境外移入) -
健保門診及住院就診人次統計-腸病毒
各縣市、年齡別、年週之腸病毒門診及住院就診人次統計表
