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健保門診及住院就診人次統計-腸病毒
各縣市、年齡別、年週之腸病毒門診及住院就診人次統計表 -
健保門診及住院就診人次統計-疱疹性咽峽炎
各縣市、年齡別、年週之疱疹性咽峽炎門診及住院就診人次統計表 -
健保門診及住院就診人次統計-手足口病
各縣市、年齡別、年週之手足口病門診及住院就診人次統計表 -
健保門診及住院就診人次統計-腹瀉
各縣市、年齡別、年週之腹瀉門診及住院就診人次統計表 -
健保門診及住院就診人次統計-猩紅熱
各縣市、年齡別、年週之猩紅熱門診及住院就診人次統計表 -
地區年齡性別統計表-腸病毒感染併發重症(以週為單位)
2003年起各地區、各年齡層、性別之病例數統計表(疾病名稱：腸病毒感染併發重症，日期種類：發病日，病例種類：確定病例，感染來源：本土、境外移入) -
急診傳染病監測統計-疱疹性咽峽炎
各縣市、年齡別及年週之疱疹性咽峽炎急診就診人次統計表 -
地區年齡性別統計表-腸病毒感染併發重症
2003年起各地區、各年齡層、性別之病例數統計表(疾病名稱：腸病毒感染併發重症，日期種類：發病日，病例種類：確定病例，感染來源：本土、境外移入) -
健保門診及住院就診人次統計-類流感
各縣市、年齡別、年週之類流感門診及住院就診人次統計表 -
健保門診及住院就診人次統計-流感及其所致肺炎
各縣市、年齡別、年週之流感及其所致肺炎門診及住院就診人次統計表 -
健保門診及住院就診人次統計-急性上呼吸道感染
各縣市、年齡別、年週之急性上呼吸道感染門診及住院就診人次統計表 -
健保門診及住院就診人次統計-其他肺炎
各縣市、年齡別、年週之其他肺炎門診及住院就診人次統計表 -
健保門診及住院就診人次統計-水痘
各縣市、年齡別、年週之水痘門診及住院就診人次統計表 -
2001-2018年腸病毒分離前五大基因
2001-2018年病毒合約實驗室監控統計- CSV
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急診傳染病監測統計-腸病毒
各縣市、年齡別及年週之腸病毒急診就診人次統計表 -
急診傳染病監測統計-手足口病
各縣市、年齡別及年週之手足口病急診就診人次統計表 -
2016-2017年腸病毒統計
自2016-2017年間腸病毒所分型出各種腸病毒型別，主要目的提供給學術人員了解國內主要流行病毒分型何者比較多數作為統計依據。- CSV
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2016年NPEV腸病毒統計表
此表由統計國內2016年合約實驗室NPEV基因收件定序結果，並依照病毒名稱NPEV經由定序所分型出各種腸病毒型別。 目的是提供署內外研究人員了解NPEV做出基因型別類別統計呈現出數量較多流行型別。- CSV
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2016年國內腸病毒EVD68統計表
自2016年國內統計腸病毒(EVD68)型流行地區統計及定序筆數，提供署內外研究人員及學術單位使用。- CSV
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地區年齡性別統計表-李斯特菌症(以週為單位)
2007年起各地區、各年齡層、性別之病例數統計表(疾病名稱：李斯特菌症，日期種類：發病日，病例種類：確定病例，感染來源：本土、境外移入)
